县供销合作总社机关设4个内设机构。
（一）办公室
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担新闻宣传、政（社）务公开、信息、信访、保密等工作；负责机关日常工作的协调和督办；承担机关接待、后勤和节能减排工作；负责机关机构编制、人事管理、教育培训、劳动工资等工作。
承担全县供销合作社代表大会及其理事会、监事会的有关组织人事工作。负责县总社监事会的日常工作，指导乡镇基层社监事会工作。
（二）发展规划科（挂电子商务科牌子）
拟订系统发展规划及年度工作计划并组织实施；组织指导新农村现代流通网络建设、系统电子商务建设；推动系统开展土地托管等多种形式的社会化服务，提出政策支持建议；承担系统综合业绩考核工作；负责系统项目投资管理、质量安全、统计、外事、经贸工作；承担对县供销合作总社主管社团的组织协调、业务指导和监督管理等工作。对重要农业生产资料、重要农产品及其他商品的生产、经营、储备进行组织、协调和管理。
拟定全县供销社电子商务发展规划和计划并组织实施，引导全系统电子商务健康发展；协调指导培训电子商务企业和从业人员，推动电子商务平台的建设和维护;电商数据统计、信息收集发布、创业辅导、乡镇服务站点的协调、指导、监管工作。
（三）合作事业科
组织指导基层社、综合服务社建设，引导成员社发展农民专业合作联合社、以农民为主体的综合性合作社、现代农业综合服务中心；参与发展农村合作金融服务；负责系统农产品市场建设及产销对接、农产品经纪人队伍建设；统一推广使用和规范管理中国供销合作社标识。
（四）财会审计科(挂资产管理科牌子)
编制县总社预决算和管理预算执行；编报系统财务会计报表，编写财务分析、预测经营发展趋势；承担对直属单位资产审计监督和重大财务收支、经济效益的审计调查工作；承办供销社改革发展项目专项资金申报和评审考核；负责机关财务管理工作。
拟订社有资产保值增值考核、激励和责任追究制度，并执行监督；承担县级社有产权、股权和债权的管理工作；拟订社有资产重组、整合的指导意见；负责县级投资项目的可行性研究和论证；管理县级投资企业，推进现代企业制度建设；负责县级投资企业负责人的经营考核和薪酬分配工作；负责系统社有企业转型升级、创新发展工作。