泗阳县商务局设下列内设机构：
（一）办公室（政策法规科）。负责机关日常运转，承担信息、宣传、保密、信访、政务公开等工作；会同有关部门管理商务专项资金，负责机关财务、资产管理、内部审计等工作；负责机关和下属单位的党群工作；承担干部人事、机构编制、劳动工资和教育培训工作。
负责研究起草商务发展的政策建议；承担机关有关规范性文件的合法性审查工作；承办相关行政复议和行政应诉工作；承担商务系统法制宣传教育的指导协调工作；负责研究经济全球化、区域经济合作和现代流通方式的发展趋势，组织研究国内外贸易、流通体制改革等商务工作重大问题并提出建议；承担商务运行情况分析、统计数据发布；牵头负责机关目标管理工作；牵头起草局重要文件和综合性文稿。
按规定承担协调、指导、服务全县国家级、省级开发区相关工作。
（二）市场体系建设科（市场运行科、行政审批科）。拟订全县内贸流通发展规划；研究提出引导各种资金投向商品市场体系建设的政策；指导城乡商业网点、商品交易市场（现货交易类）规划工作，促进社区商业和乡镇商贸中心发展，推进农村市场和农产品流通体系建设；推动汽车流通行业健康发展，按有关规定对新车销售、二手车流通和报废汽车回收拆解企业进行监督管理；牵头负责商圈市场繁荣相关工作，协调推进核心商圈建设工作。
负责监测、分析市场运行和商品供求状况，进行市场预测、预警和信息发布，并提出相应的调控建议；承担建立健全生活必需品市场供应应急管理机制相关工作；按分工承担相关重要消费品储备管理和市场调控的有关工作；按有关规定对成品油流通进行监督管理；承担茧丝绸协调工作；牵头负责商务领域安全生产、污染防治相关工作。
负责县商务局行政审批事项的审批工作。
（三）流通业发展科（服务贸易和商贸服务业科、电子商务和信息化科）。负责拟订现代流通服务业的发展规划，推动连锁经营、商业特许经营、商贸物流配送等现代流通方式的发展；拟订全县服务贸易中长期发展规划、政策措施并组织实施；牵头归口协调内贸相关工作，承担商贸流通行业有关综合性工作，会同相关部门协调推进现代服务业发展；负责促进绿色流通发展，指导流通领域节能降耗工作，指导流通企业改革，推进流通标准化建设；统筹商务领域消费促进工作，支持老字号传承保护与创新发展，推动地方老字号建设；承担药品流通行业、内资直销管理工作，指导再生资源回收管理工作，按有关规定对拍卖、租赁（除融资租赁）、旧货流通行业、单用途预付卡等进行监督管理；推动商务领域信用建设、重要产品追溯体系建设；承担服务贸易及服务外包的促进、统计和平台建设工作；负责展会规划、促进与管理；承担技术进出口管理工作，指导全县国际货物运输工作；承担商贸服务业（含餐饮业、住宿业）的行业管理工作。
负责拟定并实施全市电子商务产业发展的规划和政策；推动商贸服务领域电子商务的运用和发展，负责推进电子商务在乡村振兴、消费促进中的应用；指导完善电子商务公共服务体系，推动电子商务平台、重点企业、示范基地和产业园区以及农村电子商务建设；建立完善商务信息公共服务体系，开展电子商务行业统计、监测、分析工作；推进全县商务系统信息化建设，配合开展电子商务领域信用体系、市场运行和商品供求监测体系建设；承担泗阳县电子商务发展指挥部办公室日常事务。
（四）对外贸易科（进出口公平贸易科）。拟订全县货物进出口发展规划和政策措施；负责拟订外贸促进计划并组织实施，推进外贸促进体系建设；指导、推进出口基地、出口品牌、国际营销网络建设和跨境电子商务等外贸新业态新模式发展；组织实施重要工业品、原材料和农产品进出口计划；负责货物进出口统计和运行分析、对外贸易经营者备案登记管理、机电产品进出口相关工作；推进进出口贸易标准化和外贸信用体系建设，协调规范外贸经营秩序、推进贸易便利化；承担进出口公平贸易的相关工作，指导协调对我县出口商品的贸易摩擦应诉及相关工作；参与开展贸易救济调查、产业损害调查、产业国际竞争力调查，提出相应建议；协调我县涉及世界贸易组织事务的相关工作，负责全县贸易政策合规工作，指导贸易争端的诉讼工作；参与公平竞争审查工作。
（五）外商投资管理科（对外投资和经济合作科）。指导协调和管理全县外商投资工作；拟订我县外商投资政策并组织实施；研究、落实促进区域对外开放的政策措施；会同有关部门拟订全县外资总部、功能性机构鼓励政策；负责全县外商投资统计、外资企业联合年报工作；开展外商投资重点企业和重大项目联系服务工作，协调、指导外商投资纠纷投诉工作；承担与各国政府经济主管部门及各类经贸促进机构的联系工作；负责协调推进全县与香港、澳门特别行政区以及台湾地区的经贸联络及投资合作；牵头负责外商投资促进、商务领域营商环境建设等工作。
负责贯彻执行国家和省对外投资合作政策，研究制订全县对外投资和经济合作发展规划、政策措施并组织实施；依法管理和监督对外投资（非金融类，含在港澳台地区投资，下同）、对外承包工程、对外劳务合作、对外经济援助、接受国际援助等工作；负责全县对外投资和经济合作业务统计工作；参与组织、协调全县在境内外举办的对外投资和经济合作促进活动；承担协调境外劳务纠纷和突发事件的应急处置；负责推动构建对外投资合作的促进和服务体系。
泗阳县商务局机关行政编制13名。设局长1名，副局长2名。设正、副科长（主任）7名，其中科长（主任）5名。