（一）办公室（行政审批科、政策法规科）。协助局领导组织机关日常工作，负责信息宣传、政务公开、安全保密、信访舆情、建议提案、目标考核、水文化、双拥、档案、史志年鉴、后勤保障及重大活动、会议的组织工作；负责机关内部规章制度建设。督促检查水利重大政策、决策部署和重要工作的贯彻落实，负责领导批示、重要事项、政风行风等督查督办。负责规范性文件的合法性审查、备案并监督实施；组织开展有关水利改革与发展的政策研究；指导法治水利建设和依法行政工作；指导行政执法工作；承办局行政复议、行政诉讼和行政赔偿工作；指导水利系统法治宣传教育、普法宣传工作；负责行政审批工作，并限时办结。
负责机关并指导局属单位的干部人事、机构编制、队伍建设、劳动工资、教育培训、机关绩效管理等工作。指导全县水利行业人才工作、职工队伍建设和精神文明建设。指导水务行业专业技术职称评聘工作；负责机关并指导局属单位退休干部工作。指导机关和直属单位党的建设工作。
（二）基本建设科（监督安全科）。指导全县水利基本建设管理工作，负责县重点水利工程建设项目法人及招投标活动的监督管理；指导全县水利工程建设；负责县重点水利工程建设的验收；指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设；组织实施水利工程质量和安全监督；承担水利行业安全生产监督管理工作；组织或参与制定水利行业安全管理规程规范；指导水利重点建设项目的安全监管；组织重大水利安全生产事故的调查处理。
组织拟订全县水利发展规划，牵头编制水利综合规划、专业规划、专项规划并监督实施，参与县际、乡镇（街道）际边界水利规划协调。组织指导有关防洪论证工作；负责水工程建设规划同意书制度的实施；负责全县水利投资计划的综合平衡；拟订县级水利固定资产投资计划；编制、初步审查重点水利工程项目建议书、可行性研究报告和初步设计。组织实施县水利建设投资计划，扎口水利统计工作。负责协调落实南水北调后续工程建设的有关政策措施。
（三）农村水利与水土保持科。组织开展大中型灌排工程建设与改造；指导农村饮水安全、乡镇供排水、农村河道疏浚整治等工程建设管理工作，指导节水灌溉有关工作；指导农村水利社会化服务体系建设；指导全县水土流失综合防治工作，组织编制水土保持规划并监督实施，负责水土流失监测及预报、公告；组织编制水利科技、水利信息化发展规划；负责水利科技项目和科技成果管理工作，组织重大水利科学技术研究、技术引进和技术推广；指导水利科技和水利信息化工作；负责水利行业对外合作与交流工作。
（四）生态河湖与水资源管理科（工程运行管理科）。指导全县水利工程设施、水域及岸线的管理、保护和综合利用；指导区域骨干河道、湖泊的开发、治理和保护；组织、指导河湖与水利工程管理范围划定工作；监督跨区域调水工程；指导泵站、堤防、水闸、水电站等水利工程的运行和确权划界；按规定指导水能资源开发工作。组织、指导维修、养护、除险加固、水毁修复等项目实施；指导退圩还湖工作；指导河湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作；会同相关部门指导全县河湖保护规划编制工作；指导河湖采砂规划和计划的编制并监督实施；组织、指导河湖搬迁群众后期扶持等移民工作。
承担县河长制工作办公室的日常工作；组织拟定推行河湖长制工作制度，编制工作计划和考核目标；向县级河湖长提出工作建议，督促、协助副河长单位落实县级河湖长确定的事项；对河湖长制工作落实情况进行检查、督察、考核；协调督导河湖长制工作重点事项和问题；组织拟定推行河湖长制有关法规、政策、制度。
负责编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作，按规定核准饮用水源地设置，指导县级水源地的管理；承担实施最严格水资源管理制度相关工作，指导开展水资源有偿使用工作；组织水资源承载能力监测预警工作；指导水量分配工作并监督实施，指导河湖生态流量水量管理；负责地下水开发利用和地下水资源管理和保护，组织指导地下水超采区综合治理；参与编制水功能区划；拟定节约用水政策，组织编制与协调实施节约用水规划；组织指导计划用水、节约用水工作；组织实施用水总量、用水效率控制和定额管理制度；指导和推动全县节水型社会建设工作；会同相关部门指导农业节水工作；指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。
组织协调水旱灾害应急救援工作，协调指导重要江河湖泊、重要水工程实施防御洪水抗御旱灾调度和应急水量调度工作；组织协调台风防御工作；指导协调水旱灾害防治工作。负责县防汛防旱指挥部办公室日常工作。
（五）财务审计科。指导全县水利系统财务会计和内部审计工作。负责编制县级水利部门预算并监督执行；负责县级水利资金的使用及监督管理；指导水利行业国有资产的监督管理工作；指导涉水规费的征收及监管工作。提出有关水利价格、收费、信贷的建议。负责局属单位财务管理、内部审计和领导干部的任期经济责任审计工作。