一、内设机构
(一)综合事务局
综合协调度假区机关日常事务;负责督查、综合统计等工作；负责度假区目标管理;负责财务与资产管理;协调人大和政协工作。
(二)规划建设局
负责度假区规划的编制与组织实施;负责基础设施、公共设施的规划、建设、管理工作;负责景区及相关行业创建工作。
(三)旅游推广和招商服务局
负责景区运营工作;负责旅游产品宣传促销工作;负责度假区招商引资和企业帮办服务相关工作;负责相关投诉处理和行业管理工作。
(四)生态保护局
负责度假区生态环境保护工作;负责区域内综合执法工作；负责土地征用(流转)、清障等用地保障及转用和报批工作；负责景区秩序维持、安全保卫、突发性事件处置等工作;负责违搭乱建处理和湖区管控工作;负责安全生产、信访稳定工作。
二、事业机构
江苏泗阳成子湖旅游度假区管理办公室下设泗阳县成子湖旅游开发服务中心，为公益一类事业单位，机构规格为相当于股级，经费渠道为全额拨款。
三、人员编制和领导职数
江苏省泗阳成子湖旅游度假区管理办公室行政编制8名;县成子湖旅游开发服务中心事业编制22名。
领导职数为:江苏省泗阳成子湖旅游度假区管理办公室设主任1名，副主任和纪委书记共计4名;局长4名，副局长4名。